| 1. Spieltag | 12.08.2012 | Sileks Kratovo | - | Metalurg Skopje | 0:2 |  |
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| 2. Spieltag | 19.08.2012 | Metalurg Skopje | - | FK Pelister | 1:0 | |
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| 5. Spieltag | 02.09.2012 | Metalurg Skopje | - | FK Bregalnica Štip | 2:1 | |
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| 7. Spieltag | 22.09.2012 | Metalurg Skopje | - | Napredok Kičevo | 3:2 | |
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| 14. Spieltag | 11.11.2012 | Metalurg Skopje | - | KF Shkëndija 79 | 0:1 |  |
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| 16. Spieltag | 25.11.2012 | FK Bregalnica Štip | - | Metalurg Skopje | 0:1 | |
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| 17. Spieltag | 02.12.2012 | Metalurg Skopje | - | FK Rabotnički | 2:1 | |
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| 23. Spieltag | 03.04.2013 | Metalurg Skopje | - | FK Pelister | 1:0 | |
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| 26. Spieltag | 21.04.2013 | FK Teteks | - | Metalurg Skopje | 1:1 | |
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| 27. Spieltag | 28.04.2013 | Metalurg Skopje | - | FK Renova | 3:1 | |
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| 29. Spieltag | 12.05.2013 | Metalurg Skopje | - | Napredok Kičevo | 2:0 | |
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| 32. Spieltag | 29.05.2013 | Metalurg Skopje | - | Vardar Skopje | 1:1 | |
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| 33. Spieltag | 02.06.2013 | FK Bregalnica Štip | - | Metalurg Skopje | 2:3 | |
Nordmazedonien