| 1. Spieltag | 12.08.2012 | FK Pelister | - | KF Shkëndija 79 | 1:1 |  |
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| 5. Spieltag | 02.09.2012 | KF Shkëndija 79 | - | FK Rabotnički | 5:1 | |
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| 7. Spieltag | 23.09.2012 | KF Shkëndija 79 | - | FK Teteks | 4:1 | |
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| 8. Spieltag | 29.09.2012 | FK Renova | - | KF Shkëndija 79 | 0:3 | |
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| 9. Spieltag | 07.10.2012 | KF Shkëndija 79 | - | Vardar Skopje | 2:1 | |
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| 12. Spieltag | 31.10.2012 | KF Shkëndija 79 | - | FK Pelister | 3:1 | |
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| 17. Spieltag | 02.12.2012 | KF Shkëndija 79 | - | Napredok Kičevo | 2:2 | |
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| 20. Spieltag | 12.03.2013 | Vardar Skopje | - | KF Shkëndija 79 | 6:1 | |
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| 22. Spieltag | 31.03.2013 | Sileks Kratovo | - | KF Shkëndija 79 | 2:3 | |
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| 23. Spieltag | 03.04.2013 | KF Shkëndija 79 | - | Sileks Kratovo | 3:0 | |
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| 24. Spieltag | 07.04.2013 | FK Teteks | - | KF Shkëndija 79 | 2:1 | |
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| 27. Spieltag | 27.04.2013 | Napredok Kičevo | - | KF Shkëndija 79 | 0:3 | |
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| 31. Spieltag | 19.05.2013 | FK Bregalnica Štip | - | KF Shkëndija 79 | 4:3 | |
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| 33. Spieltag | 02.06.2013 | FK Drita | - | KF Shkëndija 79 | 3:1 | |
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