| 27. Spieltag | 14.01.2017 | Northampton Town | - | Scunthorpe United | 1:2 | ||||
| 28. Spieltag | 21.01.2017 | Milton Keynes Dons | - | Northampton Town | 5:3 | ||||
| 29. Spieltag | 28.01.2017 | Northampton Town | - | Coventry City | 3:0 | ||||
| 30. Spieltag | 04.02.2017 | Walsall FC | - | Northampton Town | 2:1 | ||||
| 31. Spieltag | 11.02.2017 | Northampton Town | - | Chesterfield FC | 3:1 | ||||
| 32. Spieltag | 14.02.2017 | Northampton Town | - | Swindon Town | 2:1 | ||||
| 33. Spieltag | 18.02.2017 | Southend United | - | Northampton Town | 2:2 |  |
|||
| 34. Spieltag | 25.02.2017 | Fleetwood Town | - | Northampton Town | 3:0 | ||||
| 35. Spieltag | 28.02.2017 | Northampton Town | - | Oldham Athletic | 1:2 | ||||
| 45. Spieltag | 22.04.2017 | Bury FC | - | Northampton Town | 3:0 |
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