| 1. Runde | 12.08.2016 | Deportivo Municipal | - | Atlético Nacional | 0:5 |  |
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| 1. Runde | 18.08.2016 | Atlético Nacional | - | Deportivo Municipal | 1:0 | ||||
| 2. Runde | 25.08.2016 | Bolívar | - | Atlético Nacional | 1:1 | ||||
| 2. Runde | 14.09.2016 | Atlético Nacional | - | Bolívar | 1:0 | ||||
| Achtelfinale | 21.09.2016 | Sol de América | - | Atlético Nacional | 1:1 | ||||
| Achtelfinale | 28.09.2016 | Atlético Nacional | - | Sol de América | 2:0 | |
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| Viertelfinale | 20.10.2016 | Coritiba - PR | - | Atlético Nacional | 1:1 | ||||
| Viertelfinale | 27.10.2016 | Atlético Nacional | - | Coritiba - PR | 3:1 | ||||
| Halbfinale | 02.11.2016 | Cerro Porteño | - | Atlético Nacional | 1:1 | |
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| Halbfinale | 25.11.2016 | Atlético Nacional | - | Cerro Porteño | 0:0 |
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