| 10. Spieltag | 28.08.2016 | Dinamo Moskva | - | FK Tosno | 0:1 | ||||
| 11. Spieltag | 03.09.2016 | FK Tosno | - | Baltika Kaliningrad | 4:1 |  |
|||
| 13. Spieltag | 17.09.2016 | FK Tosno | - | Volgar Astrakhan | 3:0 | ||||
| 14. Spieltag | 26.09.2016 | Spartak Nalchik | - | FK Tosno | 1:1 | ||||
| 16. Spieltag | 08.10.2016 | Spartak Moskva 2 | - | FK Tosno | 1:3 | ||||
| 18. Spieltag | 22.10.2016 | FK Tosno | - | FK Tambov | 2:0 | ||||
| 19. Spieltag | 30.10.2016 | SKA-Khabarovsk | - | FK Tosno | 1:0 | ||||
| 20. Spieltag | 05.11.2016 | FK Tosno | - | Sibir Novosibirsk | 3:0 | ||||
| 21. Spieltag | 09.11.2016 | Mordovia Saransk | - | FK Tosno | 0:2 | ||||
| 22. Spieltag | 13.11.2016 | FK Tosno | - | Kuban Krasnodar (1928-2018) | 0:0 | ||||
| 23. Spieltag | 19.11.2016 | Fakel Voronezh | - | FK Tosno | 0:0 | ||||
| 27. Spieltag | 19.03.2017 | Enisey Krasnoyarsk | - | FK Tosno | 0:1 | ||||
| 28. Spieltag | 26.03.2017 | FK Tosno | - | Dinamo Moskva | 1:2 | ||||
| 35. Spieltag | 06.05.2017 | FK Neftekhimik | - | FK Tosno | 0:2 | ||||
| 36. Spieltag | 10.05.2017 | FK Tambov | - | FK Tosno | 3:0 |
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