| 9. Spieltag | 16.09.2023 | MFK Vyškov | - | 1. SK Prostějov | 4:3 | ||||
| 10. Spieltag | 23.09.2023 | 1. SK Prostějov | - | FK Varnsdorf | 1:0 | ||||
| 11. Spieltag | 01.10.2023 | Vysočina Jihlava | - | 1. SK Prostějov | 2:1 | ||||
| 13. Spieltag | 20.10.2023 | FK Příbram | - | 1. SK Prostějov | 1:0 | ||||
| 14. Spieltag | 28.10.2023 | 1. SK Prostějov | - | FK Dukla Praha | 1:2 |  |
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| 15. Spieltag | 04.11.2023 | SFC Opava | - | 1. SK Prostějov | 1:2 | ||||
| 16. Spieltag | 11.11.2023 | 1. SK Prostějov | - | Hanácká Slávia Kroměříž | 0:1 | |
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| 17. Spieltag | 03.03.2024 | AC Sparta Praha B | - | 1. SK Prostějov | 4:0 | ||||
| 18. Spieltag | 09.03.2024 | 1. SK Prostějov | - | Sigma Olomouc B | 2:0 | ||||
| 21. Spieltag | 06.04.2024 | Zbrojovka Brno | - | 1. SK Prostějov | 1:2 | ||||
| 22. Spieltag | 13.04.2024 | 1. SK Prostějov | - | FK MAS Táborsko | 2:1 | ||||
| 25. Spieltag | 27.04.2024 | 1. SK Prostějov | - | Vysočina Jihlava | 3:0 | |
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| 26. Spieltag | 04.05.2024 | SK Líšeň | - | 1. SK Prostějov | 0:0 | ||||
| 27. Spieltag | 08.05.2024 | 1. SK Prostějov | - | FK Příbram | 2:1 | ||||
| 28. Spieltag | 12.05.2024 | FK Dukla Praha | - | 1. SK Prostějov | 3:2 |  |
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| 30. Spieltag | 25.05.2024 | Viktoria Žižkov | - | 1. SK Prostějov | 0:2 |
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