| 17. Spieltag | 03.03.2025 | FC Zlín | - | 1. SK Prostějov | 3:0 | ||||
| 19. Spieltag | 16.03.2025 | Viktoria Žižkov | - | FC Zlín | 1:3 |  |
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| 20. Spieltag | 28.03.2025 | FC Zlín | - | FC Sellier & Bellot Vlašim | 2:1 | ||||
| 21. Spieltag | 06.04.2025 | Slavia Praha B | - | FC Zlín | 0:1 | ||||
| 22. Spieltag | 11.04.2025 | FC Zlín | - | Zbrojovka Brno | 1:1 | ||||
| 23. Spieltag | 16.04.2025 | Vysočina Jihlava | - | FC Zlín | 1:1 | ||||
| 25. Spieltag | 27.04.2025 | AC Sparta Praha B | - | FC Zlín | 1:0 | ||||
| 26. Spieltag | 02.05.2025 | FC Zlín | - | FK Varnsdorf | 2:0 |  |
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| 28. Spieltag | 11.05.2025 | FC Zlín | - | MFK Vyškov | 2:1 | |
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| 29. Spieltag | 17.05.2025 | MFK Chrudim | - | FC Zlín | 0:0 | ||||
| 30. Spieltag | 25.05.2025 | FC Zlín | - | SK Líšeň | 2:1 |
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