| 3. Spieltag | 10.09.2016 | Valletta FC | - | Pembroke Athleta FC | 5:1 |  |
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| 4. Spieltag | 17.09.2016 | Pembroke Athleta FC | - | Hibernians FC | 1:2 | ||||
| 5. Spieltag | 22.09.2016 | Gżira United | - | Pembroke Athleta FC | 3:0 | ||||
| 6. Spieltag | 26.09.2016 | Pembroke Athleta FC | - | Birkirkara FC | 2:1 | ||||
| 7. Spieltag | 01.10.2016 | Pembroke Athleta FC | - | Tarxien Rainbows | 2:2 |  |
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| 8. Spieltag | 16.10.2016 | St. Andrews FC | - | Pembroke Athleta FC | 4:1 |  |
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| 10. Spieltag | 29.10.2016 | Hamrun Spartans | - | Pembroke Athleta FC | 2:1 | ||||
| 11. Spieltag | 05.11.2016 | Mosta FC | - | Pembroke Athleta FC | 0:3 | ||||
| 12. Spieltag | 20.11.2016 | Pembroke Athleta FC | - | Floriana FC | 1:2 | ||||
| 13. Spieltag | 27.11.2016 | Balzan FC | - | Pembroke Athleta FC | 4:0 | |
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| 14. Spieltag | 03.12.2016 | Pembroke Athleta FC | - | Valletta FC | 0:3 | |
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| 16. Spieltag | 18.12.2016 | Pembroke Athleta FC | - | Gżira United | 0:0 | |
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| 20. Spieltag | 28.01.2017 | Pembroke Athleta FC | - | Hamrun Spartans | 1:0 | |
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| 21. Spieltag | 04.02.2017 | Sliema Wanderers | - | Pembroke Athleta FC | 1:1 |
Nordmazedonien