| 3. Spieltag | 23.07.2016 | Dinamo Moskva | - | FK Neftekhimik | 3:1 | ||||
| 4. Spieltag | 27.07.2016 | FK Neftekhimik | - | FK Khimki | 1:0 | ||||
| 5. Spieltag | 31.07.2016 | Baltika Kaliningrad | - | FK Neftekhimik | 0:0 | ||||
| 6. Spieltag | 06.08.2016 | FK Neftekhimik | - | Sibir Novosibirsk | 0:1 | ||||
| 7. Spieltag | 13.08.2016 | Zenit St. Petersburg 2 | - | FK Neftekhimik | 2:2 | ||||
| 8. Spieltag | 17.08.2016 | FK Neftekhimik | - | Mordovia Saransk | 1:0 | ||||
| 11. Spieltag | 03.09.2016 | Spartak Nalchik | - | FK Neftekhimik | 3:2 | ||||
| 13. Spieltag | 17.09.2016 | Luch-Energiya Vladivostok | - | FK Neftekhimik | 1:0 | ||||
| 19. Spieltag | 30.10.2016 | FK Tambov | - | FK Neftekhimik | 0:0 | ||||
| 22. Spieltag | 13.11.2016 | FK Khimki | - | FK Neftekhimik | 3:2 | ||||
| 23. Spieltag | 19.11.2016 | FK Neftekhimik | - | Baltika Kaliningrad | 0:0 | ||||
| 24. Spieltag | 26.11.2016 | Sibir Novosibirsk | - | FK Neftekhimik | 2:1 |
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