| 7. Spieltag | 17.09.2016 | FK Tom Tomsk | - | Arsenal Tula | 1:0 | ||||
| 8. Spieltag | 26.09.2016 | Rubin Kazan | - | FK Tom Tomsk | 2:1 | ||||
| 9. Spieltag | 01.10.2016 | FK Tom Tomsk | - | FK Ural | 1:1 | ||||
| 10. Spieltag | 16.10.2016 | FK Orenburg | - | FK Tom Tomsk | 3:1 |  |
|||
| 15. Spieltag | 27.11.2016 | Krylia Sovetov | - | FK Tom Tomsk | 3:0 | ||||
| 16. Spieltag | 01.12.2016 | FK Tom Tomsk | - | Lokomotiv Moskva | 1:6 | ||||
| 20. Spieltag | 18.03.2017 | FK Tom Tomsk | - | FK Amkar Perm | 1:0 | ||||
| 21. Spieltag | 01.04.2017 | Arsenal Tula | - | FK Tom Tomsk | 3:0 | ||||
| 23. Spieltag | 16.04.2017 | FK Ural | - | FK Tom Tomsk | 1:0 | ||||
| 27. Spieltag | 06.05.2017 | Spartak Moskva | - | FK Tom Tomsk | 1:0 | ||||
| 28. Spieltag | 14.05.2017 | FK Tom Tomsk | - | Terek Grozny | 1:2 | ||||
| 29. Spieltag | 17.05.2017 | FK Tom Tomsk | - | Krylia Sovetov | 0:2 |
Russland