| 6. Spieltag | 09.09.2016 | FK Rostov | - | Krylia Sovetov | 2:1 |  |
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| 7. Spieltag | 18.09.2016 | FK Krasnodar | - | FK Rostov | 2:1 | ||||
| 9. Spieltag | 02.10.2016 | FK Rostov | - | CSKA Moskva | 2:0 | ||||
| 10. Spieltag | 15.10.2016 | Spartak Moskva | - | FK Rostov | 1:0 | ||||
| 11. Spieltag | 22.10.2016 | FK Ufa | - | FK Rostov | 0:0 | ||||
| 12. Spieltag | 29.10.2016 | FK Amkar Perm | - | FK Rostov | 1:0 | ||||
| 13. Spieltag | 06.11.2016 | FK Rostov | - | Arsenal Tula | 4:1 | ||||
| 14. Spieltag | 18.11.2016 | Rubin Kazan | - | FK Rostov | 0:0 | ||||
| 15. Spieltag | 27.11.2016 | FK Rostov | - | Anzhi Makhachkala | 2:0 | ||||
| 16. Spieltag | 30.11.2016 | FK Ural | - | FK Rostov | 1:0 |  |
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| 18. Spieltag | 03.03.2017 | FK Tom Tomsk | - | FK Rostov | 0:6 | ||||
| 19. Spieltag | 12.03.2017 | FK Rostov | - | Terek Grozny | 0:0 | ||||
| 20. Spieltag | 19.03.2017 | Krylia Sovetov | - | FK Rostov | 0:0 | ||||
| 25. Spieltag | 25.04.2017 | FK Rostov | - | FK Ufa | 1:0 | ||||
| 26. Spieltag | 30.04.2017 | FK Rostov | - | FK Amkar Perm | 1:0 | ||||
| 27. Spieltag | 06.05.2017 | Arsenal Tula | - | FK Rostov | 1:0 | ||||
| 30. Spieltag | 21.05.2017 | FK Orenburg | - | FK Rostov | 2:0 |
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