| 16. Spieltag | 17.10.2020 | FK Tom Tomsk | - | Baltika Kaliningrad | 0:1 | ||||
| 17. Spieltag | 24.10.2020 | Veles Moskva | - | FK Tom Tomsk | 0:0 | ||||
| 20. Spieltag | 07.11.2020 | FK Tom Tomsk | - | FK Orenburg | 0:1 | ||||
| 21. Spieltag | 11.11.2020 | Enisey Krasnoyarsk | - | FK Tom Tomsk | 0:1 | ||||
| 23. Spieltag | 21.11.2020 | Spartak Moskva 2 | - | FK Tom Tomsk | 1:2 | ||||
| 24. Spieltag | 25.11.2020 | Irtysh Omsk | - | FK Tom Tomsk | 1:0 | ||||
| 32. Spieltag | 24.03.2021 | Shinnik Yaroslavl | - | FK Tom Tomsk | 2:3 |  |
|||
| 33. Spieltag | 28.03.2021 | FK Tom Tomsk | - | Torpedo Moskva | 1:0 | ||||
| 35. Spieltag | 07.04.2021 | FK Tom Tomsk | - | FK Krasnodar 2 | 1:1 | ||||
| 38. Spieltag | 24.04.2021 | SKA-Khabarovsk | - | FK Tom Tomsk | 1:1 | ||||
| 39. Spieltag | 28.04.2021 | FK Tom Tomsk | - | FK Chayka | 3:0 | ||||
| 41. Spieltag | 08.05.2021 | FK Tom Tomsk | - | Enisey Krasnoyarsk | 1:0 | ||||
| 42. Spieltag | 15.05.2021 | FK Tom Tomsk | - | FK Nizhny Novgorod | 1:1 |
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