| 21. Spieltag | 08.03.2009 | Slaven Belupo | - | NK Inter Zaprešić | 1:0 | ||||
| 22. Spieltag | 15.03.2009 | NK Inter Zaprešić | - | NK Osijek | 0:1 | ||||
| 23. Spieltag | 22.03.2009 | HNK Šibenik | - | NK Inter Zaprešić | 4:0 | ||||
| 24. Spieltag | 05.04.2009 | NK Inter Zaprešić | - | Slaven Belupo | 1:0 | ||||
| 25. Spieltag | 11.04.2009 | Dinamo Zagreb | - | NK Inter Zaprešić | 1:0 | ||||
| 26. Spieltag | 19.04.2009 | NK Inter Zaprešić | - | Hajduk Split | 0:2 | ||||
| 27. Spieltag | 22.04.2009 | NK Osijek | - | NK Inter Zaprešić | 1:1 | ||||
| 28. Spieltag | 26.04.2009 | NK Inter Zaprešić | - | HNK Cibalia | 0:0 | ||||
| 29. Spieltag | 03.05.2009 | NK Zagreb | - | NK Inter Zaprešić | 1:0 | ||||
| 30. Spieltag | 10.05.2009 | NK Croatia Sesvete | - | NK Inter Zaprešić | 0:3 |  |
|||
| 31. Spieltag | 17.05.2009 | NK Inter Zaprešić | - | NK Zadar | 2:2 | ||||
| 32. Spieltag | 24.05.2009 | NK Varteks | - | NK Inter Zaprešić | 0:1 |  |
|||
| 33. Spieltag | 31.05.2009 | NK Inter Zaprešić | - | HNK Rijeka | 3:0 | |
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