| 4. Spieltag | 07.09.1999 | NK Varteks | - | HNK Šibenik | 0:0 | ||||
| 6. Spieltag | 18.09.1999 | NK Varteks | - | NK Istra Pula | 4:1 |  |
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| 7. Spieltag | 25.09.1999 | NK Vukovar 91 | - | NK Varteks | 2:2 | ||||
| 8. Spieltag | 01.10.1999 | NK Varteks | - | NK Zagreb | 1:1 | ||||
| 10. Spieltag | 16.10.1999 | NK Varteks | - | NK Osijek | 2:0 | ||||
| 11. Spieltag | 23.10.1999 | Hrvatski Dragovoljac | - | NK Varteks | 0:1 | ||||
| 13. Spieltag | 06.11.1999 | NK Varteks | - | Croatia Zagreb | 0:3 | ||||
| 14. Spieltag | 23.11.1999 | HNK Cibalia | - | NK Varteks | 3:1 | |
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| 15. Spieltag | 27.11.1999 | HNK Šibenik | - | NK Varteks | 2:0 |
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