| 1. Spieltag | 06.08.2006 | Atlante | - | Monarcas Morelia | 2:0 |  |
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| 4. Spieltag | 27.08.2006 | CF Monterrey | - | Atlante | 3:0 | ||||
| 5. Spieltag | 30.08.2006 | Atlante | - | UANL Tigres | 2:0 | |
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| 6. Spieltag | 03.09.2006 | Deportivo Guadalajara | - | Atlante | 1:1 | ||||
| 7. Spieltag | 10.09.2006 | Atlante | - | Atlas Guadalajara | 0:2 | ||||
| 8. Spieltag | 14.09.2006 | Club Necaxa | - | Atlante | 0:0 | ||||
| 9. Spieltag | 17.09.2006 | Atlante | - | Veracruz (old) | 2:0 | ||||
| 10. Spieltag | 24.09.2006 | Gallos Blancos (old) | - | Atlante | 1:2 | |
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| 11. Spieltag | 01.10.2006 | Atlante | - | Jaguares Chiapas | 0:1 | ||||
| 12. Spieltag | 08.10.2006 | Pumas UNAM | - | Atlante | 0:1 | |
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| 13. Spieltag | 15.10.2006 | Atlante | - | Deportivo Toluca | 2:2 | ||||
| 14. Spieltag | 21.10.2006 | UAG Tecos | - | Atlante | 3:1 | ||||
| 15. Spieltag | 28.10.2006 | Atlante | - | Santos Laguna | 2:3 | ||||
| 16. Spieltag | 05.11.2006 | Atlante | - | CF América | 0:0 | ||||
| 17. Spieltag | 12.11.2006 | CF Pachuca | - | Atlante | 2:2 | |
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