| 1. Spieltag | 26.07.2008 | Jahn Regensburg | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:2 |  |
|||
| 3. Spieltag | 15.08.2008 | Rot-Weiß Erfurt | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:1 |  |
|||
| 4. Spieltag | 23.08.2008 | FC Carl Zeiss Jena | - | Kickers Emden | 1:1 | ||||
| 17. Spieltag | 29.11.2008 | FC Carl Zeiss Jena | - | Fortuna Düsseldorf | 1:0 | ||||
| 33. Spieltag | 25.04.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Werder Bremen II | 3:1 |
Schweiz
Frankreich