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| 28.11.2008 | 19:00 | Werder Bremen II | - | SC Paderborn 07 | 2:3 (0:2) | |
| 29.11.2008 | 14:00 | VfR Aalen | - | Stuttgarter Kickers | 3:1 (0:0) | |
| 14:00 | Eintracht Braunschweig | - | SpVgg Unterhaching | 4:0 (1:0) | ||
| 14:00 | Wuppertaler SV | - | Jahn Regensburg | 0:0 (0:0) | ||
| 14:00 | 1. FC Union Berlin | - | Erzgebirge Aue | 2:0 (2:0) | ||
| 14:00 | VfB Stuttgart II | - | Kickers Emden | 0:1 (0:1) | ||
| 14:00 | Kickers Offenbach | - | Rot-Weiß Erfurt | 0:0 (0:0) | ||
| 14:00 | FC Carl Zeiss Jena | - | Fortuna Düsseldorf | 1:0 (1:0) | ||
| 30.11.2008 | 14:00 | Dynamo Dresden | - | SV Sandhausen | 1:1 (1:1) | |
| 14:00 | Wacker Burghausen | - | Bayern München II | 0:0 (0:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
SC Paderborn 07 | 17 | 12 | 2 | 3 | 36:19 | 17 | 38 |
| 2 |
|
1. FC Union Berlin | 17 | 10 | 5 | 2 | 30:14 | 16 | 35 |
| 3 |
|
Kickers Emden | 17 | 10 | 4 | 3 | 23:14 | 9 | 34 |
| 4 |
|
Fortuna Düsseldorf | 17 | 10 | 2 | 5 | 27:13 | 14 | 32 |
| 5 |
|
Bayern München II | 17 | 6 | 10 | 1 | 23:17 | 6 | 28 |
| 6 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 17 | 8 | 2 | 7 | 24:19 | 5 | 26 |
| 7 |
|
SpVgg Unterhaching | 17 | 7 | 5 | 5 | 22:24 | -2 | 26 |
| 8 |
|
Kickers Offenbach | 17 | 6 | 7 | 4 | 22:17 | 5 | 25 |
| 9 |
|
SV Sandhausen | 17 | 6 | 6 | 5 | 29:25 | 4 | 24 |
| 10 |
|
VfB Stuttgart II | 17 | 6 | 5 | 6 | 31:23 | 8 | 23 |
| 11 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 17 | 5 | 6 | 6 | 22:27 | -5 | 21 |
| 12 |
|
VfR Aalen | 17 | 4 | 9 | 4 | 14:20 | -6 | 21 |
| 13 |
|
Eintracht Braunschweig | 17 | 5 | 5 | 7 | 22:20 | 2 | 20 |
| 14 |
|
Erzgebirge Aue | 17 | 5 | 5 | 7 | 22:25 | -3 | 20 |
| 15 |
|
Wuppertaler SV | 17 | 4 | 6 | 7 | 18:25 | -7 | 18 |
| 16 |
|
Dynamo Dresden | 17 | 4 | 5 | 8 | 13:20 | -7 | 17 |
| 17 |
|
Wacker Burghausen | 17 | 4 | 4 | 9 | 22:35 | -13 | 16 |
| 18 |
|
Jahn Regensburg | 17 | 2 | 7 | 8 | 15:30 | -15 | 13 |
| 19 |
|
Werder Bremen II | 17 | 2 | 4 | 11 | 21:32 | -11 | 10 |
| 20 |
|
Stuttgarter Kickers | 17 | 1 | 7 | 9 | 21:38 | -17 | 7 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
