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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Fortuna Düsseldorf | 17 | 9 | 4 | 4 | 16:7 | 9 | 31 |
| 2 |
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1. FC Union Berlin | 17 | 7 | 8 | 2 | 18:9 | 9 | 29 |
| 3 |
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Kickers Offenbach | 17 | 7 | 7 | 3 | 17:8 | 9 | 28 |
| 4 |
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SC Paderborn 07 | 17 | 7 | 5 | 5 | 17:14 | 3 | 26 |
| 5 |
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Bayern München II | 17 | 7 | 5 | 5 | 14:11 | 3 | 26 |
| 6 |
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Kickers Emden | 17 | 6 | 8 | 3 | 13:10 | 3 | 26 |
| 7 |
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Erzgebirge Aue | 17 | 7 | 4 | 6 | 15:12 | 3 | 25 |
| 8 |
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SV Sandhausen | 17 | 7 | 4 | 6 | 18:17 | 1 | 25 |
| 9 |
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VfB Stuttgart II | 17 | 6 | 5 | 6 | 16:14 | 2 | 23 |
| 10 |
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Eintracht Braunschweig | 17 | 5 | 8 | 4 | 9:8 | 1 | 23 |
| 11 |
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FC Carl Zeiss Jena | 17 | 5 | 7 | 5 | 14:13 | 1 | 22 |
| 12 |
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Rot-Weiß Erfurt | 17 | 6 | 4 | 7 | 12:12 | 0 | 22 |
| 13 |
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SpVgg Unterhaching | 17 | 5 | 7 | 5 | 12:14 | -2 | 22 |
| 14 |
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VfR Aalen | 17 | 4 | 9 | 4 | 10:9 | 1 | 21 |
| 15 |
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Dynamo Dresden | 17 | 4 | 9 | 4 | 8:8 | 0 | 21 |
| 16 |
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Jahn Regensburg | 17 | 5 | 5 | 7 | 12:18 | -6 | 20 |
| 17 |
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Wuppertaler SV | 17 | 3 | 10 | 4 | 11:14 | -3 | 19 |
| 18 |
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Wacker Burghausen | 17 | 2 | 8 | 7 | 11:22 | -11 | 14 |
| 19 |
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Stuttgarter Kickers | 17 | 2 | 7 | 8 | 11:23 | -12 | 13 |
| 20 |
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Werder Bremen II | 17 | 2 | 4 | 11 | 11:22 | -11 | 10 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
