| 1. Spieltag | 17.07.2016 | FK Senica | - | Slovan Bratislava | 0:1 | ||||
| 2. Spieltag | 23.07.2016 | AS Trenčín | - | FK Senica | 3:0 | ||||
| 3. Spieltag | 30.07.2016 | FK Senica | - | MFK Zemplín Michalovce | 2:0 |  |
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| 4. Spieltag | 06.08.2016 | 1. FC Tatran Prešov | - | FK Senica | 0:4 | |
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| 5. Spieltag | 13.08.2016 | Zlaté Moravce | - | FK Senica | 0:1 | ||||
| 6. Spieltag | 20.08.2016 | FK Senica | - | FO ŽP Šport Podbrezová | 0:1 | ||||
| 7. Spieltag | 25.08.2016 | FC DAC 1904 | - | FK Senica | 0:0 | ||||
| 8. Spieltag | 10.09.2016 | FK Senica | - | MFK Ružomberok | 1:1 | |
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| 9. Spieltag | 17.09.2016 | MŠK Žilina | - | FK Senica | 4:2 | ||||
| 10. Spieltag | 24.09.2016 | FK Senica | - | Spartak Trnava | 0:1 | |
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| 11. Spieltag | 01.10.2016 | Spartak Myjava | - | FK Senica | annull. | ||||
| 12. Spieltag | 16.10.2016 | Slovan Bratislava | - | FK Senica | 2:0 | ||||
| 13. Spieltag | 22.10.2016 | FK Senica | - | AS Trenčín | 1:2 | ||||
| 14. Spieltag | 29.10.2016 | MFK Zemplín Michalovce | - | FK Senica | 0:0 | ||||
| 15. Spieltag | 05.11.2016 | FK Senica | - | 1. FC Tatran Prešov | 0:0 | ||||
| 16. Spieltag | 19.11.2016 | FK Senica | - | Zlaté Moravce | 1:3 | ||||
| 17. Spieltag | 26.11.2016 | FO ŽP Šport Podbrezová | - | FK Senica | 2:0 |
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