| 4. Spieltag | 30.03.2013 | JK Narva Trans | - | FC Flora | 0:3 |  |
 |
||
| 7. Spieltag | 20.04.2013 | FC Kuressaare | - | FC Flora | 2:4 | |
|||
| 18. Spieltag | 15.07.2013 | JK Tallinna Kalev | - | FC Flora | 2:4 | |
|||
| 24. Spieltag | 20.08.2013 | JK Narva Trans | - | FC Flora | 1:4 | |
|||
| 26. Spieltag | 31.08.2013 | Paide Linnameeskond | - | FC Flora | 0:5 | |
|||
| 27. Spieltag | 13.09.2013 | FC Flora | - | JK Tallinna Kalev | 5:0 | |
|||
| 34. Spieltag | 26.10.2013 | FC Flora | - | FC Kuressaare | 4:0 | |
Georgien