| 5. Spieltag | 15.03.2025 | V-Varen Nagasaki | - | Tokushima Vortis | 1:0 |  |
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| 7. Spieltag | 30.03.2025 | Fujieda MyFC | - | V-Varen Nagasaki | 3:2 | ||||
| 8. Spieltag | 06.04.2025 | FC Imabari | - | V-Varen Nagasaki | 4:1 | ||||
| 9. Spieltag | 13.04.2025 | V-Varen Nagasaki | - | Sagan Tosu | 0:2 |  |
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| 10. Spieltag | 19.04.2025 | Ventforet Kofu | - | V-Varen Nagasaki | 1:1 | ||||
| 11. Spieltag | 25.04.2025 | V-Varen Nagasaki | - | Iwaki FC | 3:4 | |
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| 12. Spieltag | 29.04.2025 | Hokkaido Consadole Sapporo | - | V-Varen Nagasaki | 2:2 | ||||
| 13. Spieltag | 03.05.2025 | V-Varen Nagasaki | - | Ehime FC | 1:1 | ||||
| 14. Spieltag | 06.05.2025 | Kataller Toyama | - | V-Varen Nagasaki | 1:2 | |
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| 15. Spieltag | 11.05.2025 | V-Varen Nagasaki | - | Montedio Yamagata | 1:1 |  |
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| 19. Spieltag | 15.06.2025 | V-Varen Nagasaki | - | RB Omiya Ardija | 3:3 | |
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| 20. Spieltag | 22.06.2025 | Roasso Kumamoto | - | V-Varen Nagasaki | 1:3 | |
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| 21. Spieltag | 28.06.2025 | Montedio Yamagata | - | V-Varen Nagasaki | 1:2 | |
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| 22. Spieltag | 05.07.2025 | V-Varen Nagasaki | - | Oita Trinita | 1:0 |
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