| 14. Spieltag | 19.07.2009 | FK Tom Tomsk | - | FK Khimki | 4:0 | ||||
| 17. Spieltag | 09.08.2009 | Zenit St. Petersburg | - | FK Tom Tomsk | 0:2 | ||||
| 19. Spieltag | 22.08.2009 | Spartak Nalchik | - | FK Tom Tomsk | 3:0 | ||||
| 21. Spieltag | 13.09.2009 | Terek Grozny | - | FK Tom Tomsk | 4:0 | ||||
| 23. Spieltag | 27.09.2009 | Spartak Moskva | - | FK Tom Tomsk | 5:0 | ||||
| 27. Spieltag | 01.11.2009 | FK Tom Tomsk | - | Lokomotiv Moskva | 1:3 | ||||
| 29. Spieltag | 21.11.2009 | FK Tom Tomsk | - | FK Rostov | 2:1 | ||||
| 30. Spieltag | 29.11.2009 | Krylia Sovetov | - | FK Tom Tomsk | 1:3 |  |
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