| 1. Spieltag | 29.07.2006 | VfL Frohnlach | - | Wacker Burghausen II | 1:1 | ||||
| 2. Spieltag | 02.08.2006 | Wacker Burghausen II | - | SC Fürstenfeldbruck | 1:1 | ||||
| 3. Spieltag | 05.08.2006 | Jahn Regensburg | - | Wacker Burghausen II | 2:1 |  |
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| 5. Spieltag | 16.08.2006 | Wacker Burghausen II | - | SpVgg Bayern Hof | 1:1 | ||||
| 6. Spieltag | 19.08.2006 | SpVgg Unterhaching II | - | Wacker Burghausen II | 4:0 |  |
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| 7. Spieltag | 26.08.2006 | Wacker Burghausen II | - | SpVgg Greuther Fürth II | 0:7 | ||||
| 8. Spieltag | 30.08.2006 | SpVgg Weiden | - | Wacker Burghausen II | 2:1 | ||||
| 9. Spieltag | 02.09.2006 | Wacker Burghausen II | - | 1. FC Bad Kötzting | 1:3 | ||||
| 10. Spieltag | 09.09.2006 | TSV Großbardorf | - | Wacker Burghausen II | 4:2 | ||||
| 11. Spieltag | 16.09.2006 | Wacker Burghausen II | - | 1. FC Eintracht Bamberg | 1:3 | ||||
| 12. Spieltag | 23.09.2006 | FC Memmingen | - | Wacker Burghausen II | 0:0 | ||||
| 13. Spieltag | 30.09.2006 | Wacker Burghausen II | - | 1. SC Feucht | 0:0 |  |
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| 20. Spieltag | 18.11.2006 | Wacker Burghausen II | - | VfL Frohnlach | 1:2 | ||||
| 21. Spieltag | 25.11.2006 | SC Fürstenfeldbruck | - | Wacker Burghausen II | 2:1 |
Slowakei