| 1. Spieltag | 29.07.2006 | FK Mladá Boleslav | - | Sigma Olomouc | 2:1 |  |
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| 2. Spieltag | 05.08.2006 | 1. FC Slovácko | - | FK Mladá Boleslav | 0:2 | |
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| 3. Spieltag | 13.08.2006 | FK Mladá Boleslav | - | Viktoria Plzeň | 0:0 | ||||
| 5. Spieltag | 27.08.2006 | FK Mladá Boleslav | - | AC Sparta Praha | 3:0 | |
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| 6. Spieltag | 10.09.2006 | FK Marila Příbram | - | FK Mladá Boleslav | 1:2 | |
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| 10. Spieltag | 15.10.2006 | FK Mladá Boleslav | - | Dynamo České Budějovice | 4:2 | |
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| 11. Spieltag | 23.10.2006 | 1. FC Brno | - | FK Mladá Boleslav | 2:0 | |
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| 12. Spieltag | 29.10.2006 | FK Mladá Boleslav | - | Slavia Praha | 1:3 | |
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