| 20. Spieltag | 04.03.2000 | HNK Cibalia | - | NK Istra Pula | 3:1 | ||||
| 23. Spieltag | 18.03.2000 | NK Zagreb | - | NK Istra Pula | 4:1 | ||||
| 25. Spieltag | 01.04.2000 | NK Osijek | - | NK Istra Pula | 3:1 |  |
|||
| 26. Spieltag | 08.04.2000 | NK Istra Pula | - | Hajduk Split | 1:1 | ||||
| 27. Spieltag | 11.04.2000 | Croatia Zagreb | - | NK Istra Pula | 2:0 | ||||
| 28. Spieltag | 15.04.2000 | NK Istra Pula | - | Slaven Belupo | 0:1 | ||||
| 29. Spieltag | 24.04.2000 | Hrvatski Dragovoljac | - | NK Istra Pula | 2:0 | ||||
| 30. Spieltag | 29.04.2000 | NK Istra Pula | - | NK Vukovar 91 | 4:3 | ||||
| 31. Spieltag | 06.05.2000 | NK Varteks | - | NK Istra Pula | 1:2 | ||||
| 32. Spieltag | 09.05.2000 | HNK Šibenik | - | NK Istra Pula | 3:0 | ||||
| 33. Spieltag | 13.05.2000 | NK Istra Pula | - | HNK Cibalia | 0:1 |
Nordmazedonien