| 16. Spieltag | 19.02.2017 | Inter Leipzig | - | FC Carl Zeiss Jena II | 0:0 | ||||
| 17. Spieltag | 25.02.2017 | FC Carl Zeiss Jena II | - | FSV Barleben | 7:0 | ||||
| 19. Spieltag | 11.03.2017 | FC Carl Zeiss Jena II | - | Union Sandersdorf | 2:3 | ||||
| 20. Spieltag | 19.03.2017 | FC Carl Zeiss Jena II | - | Brandenburger SC Süd | 5:2 | ||||
| 18. Spieltag | 26.03.2017 | BSG Wismut Gera | - | FC Carl Zeiss Jena II | 2:1 | ||||
| 21. Spieltag | 02.04.2017 | FC Einheit Rudolstadt | - | FC Carl Zeiss Jena II | 0:1 | ||||
| 22. Spieltag | 08.04.2017 | FC Carl Zeiss Jena II | - | Askania Bernburg | 2:3 | ||||
| 23. Spieltag | 13.04.2017 | BSG Chemie Leipzig | - | FC Carl Zeiss Jena II | 1:1 |  |
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| 25. Spieltag | 28.04.2017 | VFC Plauen | - | FC Carl Zeiss Jena II | 0:0 | ||||
| 26. Spieltag | 06.05.2017 | FC Carl Zeiss Jena II | - | Germania Halberstadt | 0:4 | |
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| 28. Spieltag | 21.05.2017 | SSV Markranstädt | - | FC Carl Zeiss Jena II | 0:6 | ||||
| 30. Spieltag | 03.06.2017 | FC Carl Zeiss Jena II | - | VfL Halle 96 | 2:3 |
Deutschland