| Gruppe C | 27.10.2016 | Panathinaikos | - | AEP Iraklis FC | 0:0 |  |
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| Gruppe C | 30.11.2016 | OFI Heraklion | - | Panathinaikos | 2:1 | ||||
| Gruppe C | 15.12.2016 | Apollon Smyrnis | - | Panathinaikos | 3:4 |  |
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| Achtelfinale | 01.02.2017 | Kissamikos | - | Panathinaikos | 0:4 | ||||
| Viertelfinale | 08.02.2017 | Panathinaikos | - | Asteras Tripolis | 4:0 |  |
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| Viertelfinale | 01.03.2017 | Asteras Tripolis | - | Panathinaikos | 0:1 | ||||
| Halbfinale | 12.04.2017 | Panathinaikos | - | PAOK Saloniki | 2:0 | ||||
| Halbfinale | 27.04.2017 | PAOK Saloniki | - | Panathinaikos | 4:0 |
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