| 1. Spieltag | 17.03.2006 | Torpedo Moskva | - | FK Tom Tomsk | 1:2 | ||||
| 3. Spieltag | 01.04.2006 | Shinnik Yaroslavl | - | FK Tom Tomsk | 0:1 | ||||
| 5. Spieltag | 16.04.2006 | FK Tom Tomsk | - | FK Saturn | 0:0 | ||||
| 6. Spieltag | 22.04.2006 | FK Amkar Perm | - | FK Tom Tomsk | 0:0 | ||||
| 7. Spieltag | 30.04.2006 | FK Tom Tomsk | - | FK Rostov | 3:1 | ||||
| 8. Spieltag | 06.05.2006 | Krylia Sovetov | - | FK Tom Tomsk | 2:1 |  |
|||
| 28. Spieltag | 07.07.2006 | Rubin Kazan | - | FK Tom Tomsk | 2:0 | ||||
| 11. Spieltag | 16.07.2006 | FK Tom Tomsk | - | Spartak Moskva | 2:2 | ||||
| 14. Spieltag | 06.08.2006 | FK Moskva | - | FK Tom Tomsk | 0:0 | ||||
| 15. Spieltag | 12.08.2006 | FK Tom Tomsk | - | Zenit St. Petersburg | 2:2 | ||||
| 18. Spieltag | 10.09.2006 | FK Tom Tomsk | - | Shinnik Yaroslavl | 3:1 | |
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