| 1. Spieltag | 08.09.2016 | FK Vllaznia | - | FK Kukësi | 0:0 | ||||
| 2. Spieltag | 12.09.2016 | FK Kukësi | - | KF Teuta Durrës | 3:0 |  |
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| 4. Spieltag | 24.09.2016 | KF Laçi | - | FK Kukësi | 0:0 | ||||
| 5. Spieltag | 01.10.2016 | FK Kukësi | - | FK Partizani | 1:0 | |
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| 6. Spieltag | 12.10.2016 | Flamurtari Vlorë | - | FK Kukësi | 1:1 | |
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| 8. Spieltag | 22.10.2016 | KF Skënderbeu | - | FK Kukësi | 0:0 | ||||
| 11. Spieltag | 21.11.2016 | KF Teuta Durrës | - | FK Kukësi | 1:2 |  |
|
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| 12. Spieltag | 26.11.2016 | FK Kukësi | - | KF Tiranë | 0:0 | ||||
| 14. Spieltag | 06.12.2016 | FK Partizani | - | FK Kukësi | 0:0 | ||||
| 15. Spieltag | 10.12.2016 | FK Kukësi | - | Flamurtari Vlorë | 1:0 | ||||
| 23. Spieltag | 26.02.2017 | FK Kukësi | - | FK Partizani | 0:0 | ||||
| 24. Spieltag | 05.03.2017 | Flamurtari Vlorë | - | FK Kukësi | 1:1 | ||||
| 25. Spieltag | 11.03.2017 | FK Kukësi | - | KS Korabi Peshkopi | 4:0 | ||||
| 28. Spieltag | 09.04.2017 | FK Kukësi | - | FK Vllaznia | 0:0 | |
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| 30. Spieltag | 23.04.2017 | FK Kukësi | - | KF Tiranë | 4:1 | ||||
| 31. Spieltag | 29.04.2017 | FK Kukësi | - | KF Laçi | 2:1 | ||||
| 33. Spieltag | 10.05.2017 | FK Kukësi | - | Flamurtari Vlorë | 1:0 | |
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| 36. Spieltag | 27.05.2017 | Luftëtari Gjirokastër | - | FK Kukësi | 1:0 |
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