| 1. Spieltag | 01.08.2016 | FK Krasnodar | - | FK Tom Tomsk | 3:0 | ||||
| 6. Spieltag | 11.09.2016 | FK Ufa | - | FK Krasnodar | 0:0 | ||||
| 7. Spieltag | 18.09.2016 | FK Krasnodar | - | FK Rostov | 2:1 | ||||
| 8. Spieltag | 24.09.2016 | CSKA Moskva | - | FK Krasnodar | 1:1 |  |
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| 10. Spieltag | 16.10.2016 | Arsenal Tula | - | FK Krasnodar | 0:0 | ||||
| 12. Spieltag | 30.10.2016 | Anzhi Makhachkala | - | FK Krasnodar | 0:0 | |
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| 13. Spieltag | 06.11.2016 | FK Krasnodar | - | FK Orenburg | 3:3 | ||||
| 15. Spieltag | 27.11.2016 | FK Krasnodar | - | Zenit St. Petersburg | 2:1 | |
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| 20. Spieltag | 19.03.2017 | FK Krasnodar | - | FK Ufa | 0:0 | ||||
| 22. Spieltag | 09.04.2017 | FK Krasnodar | - | CSKA Moskva | 1:1 | ||||
| 26. Spieltag | 01.05.2017 | FK Krasnodar | - | Anzhi Makhachkala | 0:0 | ||||
| 27. Spieltag | 07.05.2017 | FK Orenburg | - | FK Krasnodar | 1:0 | ||||
| 29. Spieltag | 17.05.2017 | Zenit St. Petersburg | - | FK Krasnodar | 1:0 |
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