| 5. Spieltag | 26.08.2006 | Boston United | - | Milton Keynes Dons | 0:1 | ||||
| 7. Spieltag | 09.09.2006 | Boston United | - | Stockport County | 2:1 | ||||
| 8. Spieltag | 12.09.2006 | Barnet FC | - | Boston United | 3:3 |  |
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| 10. Spieltag | 23.09.2006 | Boston United | - | Rochdale AFC | 0:3 | ||||
| 11. Spieltag | 27.09.2006 | Boston United | - | Lincoln City | 1:0 | ||||
| 12. Spieltag | 30.09.2006 | Swindon Town | - | Boston United | 1:1 | ||||
| 13. Spieltag | 07.10.2006 | Bristol Rovers | - | Boston United | 1:0 | ||||
| 15. Spieltag | 21.10.2006 | Bury FC | - | Boston United | 2:1 | ||||
| 16. Spieltag | 28.10.2006 | Boston United | - | Wycombe Wanderers | 0:1 | ||||
| 17. Spieltag | 04.11.2006 | Boston United | - | Notts County | 3:3 | ||||
| 18. Spieltag | 18.11.2006 | Macclesfield Town | - | Boston United | 2:3 | ||||
| 19. Spieltag | 25.11.2006 | Boston United | - | Hereford United | 1:1 | |
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| 20. Spieltag | 05.12.2006 | Chester City | - | Boston United | 3:1 |
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