| 1. Spieltag | 07.09.2016 | KF Skënderbeu | - | Flamurtari Vlorë | 2:1 | ||||
| 2. Spieltag | 11.09.2016 | KS Korabi Peshkopi | - | KF Skënderbeu | 0:2 | ||||
| 3. Spieltag | 17.09.2016 | KF Skënderbeu | - | KF Laçi | 1:0 |  |
|||
| 6. Spieltag | 12.10.2016 | KF Skënderbeu | - | KF Teuta Durrës | 1:0 | ||||
| 7. Spieltag | 16.10.2016 | KF Tiranë | - | KF Skënderbeu | 2:1 | ||||
| 8. Spieltag | 22.10.2016 | KF Skënderbeu | - | FK Kukësi | 0:0 | ||||
| 9. Spieltag | 30.10.2016 | FK Partizani | - | KF Skënderbeu | 0:0 | ||||
| 10. Spieltag | 05.11.2016 | Flamurtari Vlorë | - | KF Skënderbeu | 2:0 |  |
|||
| 11. Spieltag | 20.11.2016 | KF Skënderbeu | - | KS Korabi Peshkopi | 1:0 | ||||
| 12. Spieltag | 26.11.2016 | KF Laçi | - | KF Skënderbeu | 0:1 | ||||
| 13. Spieltag | 30.11.2016 | Luftëtari Gjirokastër | - | KF Skënderbeu | 0:0 | |
|||
| 14. Spieltag | 04.12.2016 | FK Vllaznia | - | KF Skënderbeu | 0:0 | ||||
| 18. Spieltag | 22.12.2016 | KF Skënderbeu | - | FK Partizani | 1:2 |
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