| 2. Spieltag | 11.03.2006 | Albirex Niigata | - | FC Tokyo | 2:0 | ||||
| 5. Spieltag | 25.03.2006 | Cerezo Osaka | - | Albirex Niigata | 3:1 | ||||
| 7. Spieltag | 08.04.2006 | Ventforet Kofu | - | Albirex Niigata | 0:4 | ||||
| 9. Spieltag | 23.04.2006 | Avispa Fukuoka | - | Albirex Niigata | 2:0 | ||||
| 12. Spieltag | 06.05.2006 | Albirex Niigata | - | Shimizu S-Pulse | 4:2 | ||||
| 14. Spieltag | 22.07.2006 | Oita Trinita | - | Albirex Niigata | 4:0 | ||||
| 15. Spieltag | 26.07.2006 | Albirex Niigata | - | Kashima Antlers | 0:1 | ||||
| 19. Spieltag | 23.08.2006 | Urawa Red Diamonds | - | Albirex Niigata | 3:1 | ||||
| 25. Spieltag | 30.09.2006 | FC Tokyo | - | Albirex Niigata | 1:4 | ||||
| 27. Spieltag | 14.10.2006 | Albirex Niigata | - | Kyoto Purple Sanga | 1:1 | ||||
| 28. Spieltag | 21.10.2006 | Shimizu S-Pulse | - | Albirex Niigata | 1:1 | ||||
| 29. Spieltag | 28.10.2006 | Albirex Niigata | - | Avispa Fukuoka | 0:1 | ||||
| 30. Spieltag | 11.11.2006 | JEF United Chiba | - | Albirex Niigata | 1:3 | ||||
| 31. Spieltag | 19.11.2006 | Albirex Niigata | - | Cerezo Osaka | 2:2 | ||||
| 33. Spieltag | 26.11.2006 | Sanfrecce Hiroshima | - | Albirex Niigata | 2:1 | ||||
| 34. Spieltag | 02.12.2006 | Albirex Niigata | - | RB Omiya Ardija | 1:2 |
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