| 1. Spieltag | 12.03.2016 | Zhetysu Taldykorgan | - | FK Atyrau | 1:1 | ||||
| 3. Spieltag | 03.04.2016 | Irtysh Pavlodar | - | FK Atyrau | 3:0 | ||||
| 5. Spieltag | 13.04.2016 | FK Okzhetpes | - | FK Atyrau | 2:0 | ||||
| 6. Spieltag | 17.04.2016 | FK Atyrau | - | FK Akzhayik | 2:0 | ||||
| 7. Spieltag | 23.04.2016 | FK Taraz | - | FK Atyrau | 0:0 | ||||
| 9. Spieltag | 05.05.2016 | FK Atyrau | - | FK Ordabasy | 2:2 | ||||
| 16. Spieltag | 15.06.2016 | FK Akzhayik | - | FK Atyrau | 0:4 |  |
|||
| 17. Spieltag | 19.06.2016 | FK Atyrau | - | FK Taraz | 1:0 | ||||
| 18. Spieltag | 25.06.2016 | FK Atyrau | - | Shakter Karaganda | 0:0 |  |
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| 2. Spieltag | 29.06.2016 | FK Atyrau | - | Tobyl Kostanay | 0:0 | ||||
| 19. Spieltag | 03.07.2016 | FK Ordabasy | - | FK Atyrau | 2:1 | |
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| 21. Spieltag | 16.07.2016 | FK Astana | - | FK Atyrau | 2:1 | ||||
| 22. Spieltag | 24.07.2016 | FK Atyrau | - | Zhetysu Taldykorgan | 1:0 |
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