| Gruppe B | 19.08.2016 | Universidad Técnica | - | Universidad San Martín | 5:0 | ||||
| Gruppe B | 24.08.2016 | Universidad San Martín | - | Ayacucho FC | 1:1 |  |
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| Gruppe B | 11.09.2016 | Universidad San Martín | - | Alianza Lima | 3:0 | |
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| Gruppe B | 23.09.2016 | Universidad San Martín | - | Comerciantes Unidos | 1:1 |  |
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| Gruppe B | 27.09.2016 | Sport Huancayo | - | Universidad San Martín | 3:0 | ||||
| Gruppe B | 18.10.2016 | Universidad San Martín | - | Universidad Técnica | 6:0 | ||||
| Gruppe B | 22.10.2016 | Ayacucho FC | - | Universidad San Martín | 2:2 | ||||
| Gruppe B | 27.10.2016 | Universidad San Martín | - | Universitario de Deportes | 4:4 | |
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| Gruppe B | 30.10.2016 | Alianza Lima | - | Universidad San Martín | 1:2 | ||||
| Gruppe B | 02.11.2016 | Universidad San Martín | - | Alianza Atlético | 3:1 | ||||
| Gruppe B | 21.11.2016 | Comerciantes Unidos | - | Universidad San Martín | 5:1 |  |
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| Gruppe B | 27.11.2016 | Universitario de Deportes | - | Universidad San Martín | 0:1 | |
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