| Gruppe D | 26.10.2016 | PAS Giannina | - | Xanthi FC | 1:0 | ||||
| Gruppe D | 13.12.2016 | Agrotikos Asteras | - | Xanthi FC | 1:1 | ||||
| Achtelfinale | 24.01.2017 | Xanthi FC | - | OFI Heraklion | 1:0 | ||||
| Achtelfinale | 31.01.2017 | OFI Heraklion | - | Xanthi FC | 2:1 | ||||
| Viertelfinale | 09.02.2017 | Xanthi FC | - | PAOK Saloniki | 1:2 | ||||
| Viertelfinale | 02.03.2017 | PAOK Saloniki | - | Xanthi FC | 0:1 |
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