| 16. Spieltag | 05.11.2011 | VfR Aalen | - | SV Babelsberg 03 | 1:3 | ||||
| 18. Spieltag | 26.11.2011 | Arminia Bielefeld | - | SV Babelsberg 03 | 1:0 |  |
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| 19. Spieltag | 03.12.2011 | SV Babelsberg 03 | - | SV Wehen Wiesbaden | 3:2 | ||||
| 20. Spieltag | 10.12.2011 | Rot-Weiß Erfurt | - | SV Babelsberg 03 | 2:3 | ||||
| 21. Spieltag | 16.12.2011 | SV Babelsberg 03 | - | Jahn Regensburg | 0:0 | |
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| 22. Spieltag | 21.01.2012 | SV Babelsberg 03 | - | Wacker Burghausen | 0:2 | ||||
| 27. Spieltag | 25.02.2012 | SpVgg Unterhaching | - | SV Babelsberg 03 | 1:2 | ||||
| 28. Spieltag | 03.03.2012 | SV Babelsberg 03 | - | Chemnitzer FC | 0:0 | ||||
| 29. Spieltag | 10.03.2012 | Rot-Weiß Oberhausen | - | SV Babelsberg 03 | 1:0 | ||||
| 30. Spieltag | 17.03.2012 | SV Babelsberg 03 | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:0 | |
|||
| 31. Spieltag | 24.03.2012 | SV Sandhausen | - | SV Babelsberg 03 | 4:0 | ||||
| 35. Spieltag | 14.04.2012 | SV Babelsberg 03 | - | VfR Aalen | 2:0 | ||||
| 36. Spieltag | 21.04.2012 | SV Darmstadt 98 | - | SV Babelsberg 03 | 3:1 | ||||
| 37. Spieltag | 28.04.2012 | SV Babelsberg 03 | - | Arminia Bielefeld | 1:0 | ||||
| 38. Spieltag | 05.05.2012 | SV Wehen Wiesbaden | - | SV Babelsberg 03 | 2:2 |
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