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| 20.09.2006 | OFI Ierapetra | - | AO Chaidari | 0:5 | ||
| Vyzas FC | - | PAS Giannina | 0:1 | |||
| Olympiakos Volou | - | AO Proodeftiki | 5:4 i.E. | |||
| Atsalenios | - | Ethnikos Asteras | 1:0 | |||
| Eolikos | - | Messiniakos GC | 3:1 | |||
| Anagennisi Arta | - | GS Kallithea | 0:1 | |||
| Apollon Smyrnis | - | Agrotikos Asteras | 1:3 | |||
| AO Thiva | - | Panthrakikos | 0:2 | |||
| Pierikos Katerini | - | PS Kalamata | 4:2 i.E. | |||
| Thyella Patros | - | Niki Volou FC | 1:2 n.V. | |||
| Acharnaikos FC | - | AGS Kastoria | 1:5 | |||
| AE Giannena | - | Thrasyvoulos Fylis | 0:2 | |||
| PAONE | - | Levadiakos | 2:4 | |||
| Panetolikos | - | Ethnikos Piraeus | 1:0 n.V. | |||
| Thermaikos FC | - | Asteras Tripolis | 1:2 n.V. | |||
| Diagoras FC | - | Ilisiakos | 1:2 | |||
| Paniliakos Pyrgos | - | Veria FC | 2:0 |
