| 23. Spieltag | 12.03.2006 | Yverdon Sport FC | - | FC Thun | 0:1 | ||||
| 24. Spieltag | 18.03.2006 | FC Thun | - | FC Schaffhausen | 2:1 | ||||
| 25. Spieltag | 22.03.2006 | FC Thun | - | Grasshopper Club Zürich | 0:1 | ||||
| 26. Spieltag | 26.03.2006 | FC St. Gallen | - | FC Thun | 1:0 | ||||
| 27. Spieltag | 02.04.2006 | FC Thun | - | FC Aarau | 1:1 |  |
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| 28. Spieltag | 06.04.2006 | FC Aarau | - | FC Thun | 0:1 | ||||
| 29. Spieltag | 09.04.2006 | FC Thun | - | FC St. Gallen | 3:1 | ||||
| 30. Spieltag | 12.04.2006 | Grasshopper Club Zürich | - | FC Thun | 3:1 | ||||
| 35. Spieltag | 07.05.2006 | BSC Young Boys | - | FC Thun | 2:1 | ||||
| 36. Spieltag | 14.05.2006 | FC Thun | - | Neuchâtel Xamax FC | 3:0 |
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