| 5. Spieltag | 28.08.2016 | FK Krasnodar | - | Lokomotiv Moskva | 1:2 | ||||
| 6. Spieltag | 11.09.2016 | FK Ufa | - | FK Krasnodar | 0:0 | ||||
| 10. Spieltag | 16.10.2016 | Arsenal Tula | - | FK Krasnodar | 0:0 |  |
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| 11. Spieltag | 23.10.2016 | FK Krasnodar | - | FK Amkar Perm | 1:0 | ||||
| 13. Spieltag | 06.11.2016 | FK Krasnodar | - | FK Orenburg | 3:3 |  |
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| 18. Spieltag | 05.03.2017 | FK Krasnodar | - | Spartak Moskva | 2:2 | ||||
| 20. Spieltag | 19.03.2017 | FK Krasnodar | - | FK Ufa | 0:0 | ||||
| 21. Spieltag | 03.04.2017 | FK Rostov | - | FK Krasnodar | 0:0 | |
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| 22. Spieltag | 09.04.2017 | FK Krasnodar | - | CSKA Moskva | 1:1 | ||||
| 23. Spieltag | 15.04.2017 | Rubin Kazan | - | FK Krasnodar | 0:1 | ||||
| 25. Spieltag | 27.04.2017 | FK Amkar Perm | - | FK Krasnodar | 0:2 | ||||
| 26. Spieltag | 01.05.2017 | FK Krasnodar | - | Anzhi Makhachkala | 0:0 | ||||
| 27. Spieltag | 07.05.2017 | FK Orenburg | - | FK Krasnodar | 1:0 | ||||
| 29. Spieltag | 17.05.2017 | Zenit St. Petersburg | - | FK Krasnodar | 1:0 |
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