| 1. Spieltag | 02.03.2013 | FC Flora | - | JK Tallinna Kalev | 4:1 |  |
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| 3. Spieltag | 16.03.2013 | FC Flora | - | FC Infonet | 1:1 | |
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| 8. Spieltag | 26.04.2013 | FC Flora | - | JK Tammeka | 2:0 | |
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| 10. Spieltag | 11.05.2013 | FC Flora | - | JK Sillamäe Kalev | 3:0 | |
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| 34. Spieltag | 26.10.2013 | FC Flora | - | FC Kuressaare | 4:0 | |
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| 35. Spieltag | 02.11.2013 | JK Tammeka | - | FC Flora | 0:4 | |
Estland