| 1. Spieltag | 15.07.2016 | Slaven Belupo | - | NK Inter Zaprešić | 2:0 | ||||
| 2. Spieltag | 23.07.2016 | NK Inter Zaprešić | - | NK Osijek | 0:2 | ||||
| 3. Spieltag | 30.07.2016 | HNK Cibalia | - | NK Inter Zaprešić | 3:3 | ||||
| 4. Spieltag | 07.08.2016 | NK Inter Zaprešić | - | HNK Rijeka | 1:1 |  |
|||
| 5. Spieltag | 13.08.2016 | Dinamo Zagreb | - | NK Inter Zaprešić | 2:1 | ||||
| 8. Spieltag | 09.09.2016 | NK Inter Zaprešić | - | Hajduk Split | 1:1 | ||||
| 9. Spieltag | 17.09.2016 | NK Istra 1961 | - | NK Inter Zaprešić | 4:1 | ||||
| 10. Spieltag | 24.09.2016 | NK Inter Zaprešić | - | Slaven Belupo | 1:1 | ||||
| 11. Spieltag | 01.10.2016 | NK Osijek | - | NK Inter Zaprešić | 1:1 | ||||
| 12. Spieltag | 15.10.2016 | NK Inter Zaprešić | - | HNK Cibalia | 1:0 | ||||
| 14. Spieltag | 29.10.2016 | NK Inter Zaprešić | - | Dinamo Zagreb | 0:1 | |
|||
| 15. Spieltag | 04.11.2016 | Lokomotiva Zagreb | - | NK Inter Zaprešić | 0:1 | ||||
| 33. Spieltag | 13.05.2017 | Lokomotiva Zagreb | - | NK Inter Zaprešić | 2:0 | ||||
| 34. Spieltag | 17.05.2017 | NK Inter Zaprešić | - | RNK Split | 1:0 | |
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| 36. Spieltag | 27.05.2017 | NK Inter Zaprešić | - | NK Istra 1961 | 0:3 |
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