| 17. Spieltag | 09.08.2009 | Zenit St. Petersburg | - | FK Tom Tomsk | 0:2 | ||||
| 18. Spieltag | 16.08.2009 | FK Tom Tomsk | - | Kuban Krasnodar (1928-2018) | 1:0 |  |
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| 20. Spieltag | 29.08.2009 | FK Tom Tomsk | - | FK Moskva | 0:0 | ||||
| 21. Spieltag | 13.09.2009 | Terek Grozny | - | FK Tom Tomsk | 4:0 | ||||
| 22. Spieltag | 20.09.2009 | FK Tom Tomsk | - | Rubin Kazan | 0:0 | ||||
| 24. Spieltag | 03.10.2009 | FK Tom Tomsk | - | FK Saturn | 3:1 |  |
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| 25. Spieltag | 17.10.2009 | Dinamo Moskva | - | FK Tom Tomsk | 0:1 | ||||
| 26. Spieltag | 25.10.2009 | FK Amkar Perm | - | FK Tom Tomsk | 0:0 | ||||
| 27. Spieltag | 01.11.2009 | FK Tom Tomsk | - | Lokomotiv Moskva | 1:3 |  |
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| 30. Spieltag | 29.11.2009 | Krylia Sovetov | - | FK Tom Tomsk | 1:3 | |
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