| 3. Spieltag | 11.09.2016 | AEK Athen | - | Xanthi FC | 4:1 | ||||
| 5. Spieltag | 26.09.2016 | AEK Athen | - | AEP Iraklis FC | 0:0 | ||||
| 7. Spieltag | 17.10.2016 | AE Lárissa | - | AEK Athen | 1:2 | ||||
| 8. Spieltag | 22.10.2016 | AEK Athen | - | Panionios GSS | 0:0 | ||||
| 9. Spieltag | 30.10.2016 | PAOK Saloniki | - | AEK Athen | 1:0 | ||||
| 10. Spieltag | 05.11.2016 | AEK Athen | - | Atromitos | 2:2 | ||||
| 12. Spieltag | 26.11.2016 | AEK Athen | - | Platanias Chanion | 3:0 |  |
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| 13. Spieltag | 03.12.2016 | AO Kerkyra | - | AEK Athen | 1:1 | ||||
| 14. Spieltag | 10.12.2016 | AEK Athen | - | Levadiakos | 4:0 | ||||
| 15. Spieltag | 19.12.2016 | AEK Athen | - | PAS Giannina | 1:1 |  |
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| 24. Spieltag | 12.03.2017 | AEK Athen | - | PAOK Saloniki | 3:0 | |
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| 27. Spieltag | 06.04.2017 | Platanias Chanion | - | AEK Athen | 0:2 | |
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| 29. Spieltag | 23.04.2017 | Levadiakos | - | AEK Athen | 0:2 |
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