| 1. Spieltag | 01.03.2025 | FC Flora | - | JK Narva Trans | 2:2 | ||||
| 2. Spieltag | 08.03.2025 | FC Flora | - | Pärnu JK Vaprus | 0:1 | ||||
| 3. Spieltag | 15.03.2025 | JK Tallinna Kalev | - | FC Flora | 0:4 |  |
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| 4. Spieltag | 29.03.2025 | FC Flora | - | FC Kuressaare | 5:0 | |
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| 5. Spieltag | 05.04.2025 | JK Nõmme Kalju | - | FC Flora | 1:2 | ||||
| 6. Spieltag | 08.04.2025 | JK Tammeka | - | FC Flora | 1:2 |  |
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| 7. Spieltag | 12.04.2025 | FCI Levadia | - | FC Flora | 0:0 | ||||
| 8. Spieltag | 18.04.2025 | FC Flora | - | Paide Linnameeskond | 1:0 | ||||
| 9. Spieltag | 22.04.2025 | FC Flora | - | Harju JK | 4:1 | ||||
| 10. Spieltag | 27.04.2025 | FC Flora | - | JK Nõmme Kalju | 2:3 | ||||
| 11. Spieltag | 02.05.2025 | Pärnu JK Vaprus | - | FC Flora | 0:3 | ||||
| 12. Spieltag | 09.05.2025 | Harju JK | - | FC Flora | 0:3 | ||||
| 13. Spieltag | 18.05.2025 | FC Flora | - | FCI Levadia | 1:0 | ||||
| 16. Spieltag | 15.06.2025 | FC Flora | - | Paide Linnameeskond | 1:2 | ||||
| 17. Spieltag | 18.06.2025 | JK Narva Trans | - | FC Flora | 1:2 | ||||
| 20. Spieltag | 21.06.2025 | Paide Linnameeskond | - | FC Flora | 2:1 |
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