| 1. Spieltag | 18.01.2009 | Jaguares Chiapas | - | Atlas Guadalajara | 2:1 |  |
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| 3. Spieltag | 01.02.2009 | Atlas Guadalajara | - | UANL Tigres | 1:1 |  |
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| 5. Spieltag | 15.02.2009 | Atlas Guadalajara | - | Atlante | 1:0 | ||||
| 6. Spieltag | 19.02.2009 | CF América | - | Atlas Guadalajara | 2:2 | ||||
| 7. Spieltag | 22.02.2009 | Atlas Guadalajara | - | Pumas UNAM | 2:0 | ||||
| 8. Spieltag | 01.03.2009 | Puebla FC | - | Atlas Guadalajara | 1:1 | ||||
| 9. Spieltag | 08.03.2009 | Atlas Guadalajara | - | Indios Juárez | 3:1 | ||||
| 10. Spieltag | 16.03.2009 | Deportivo Guadalajara | - | Atlas Guadalajara | 0:1 |  |
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| 11. Spieltag | 22.03.2009 | Atlas Guadalajara | - | UAG Tecos | 0:0 | ||||
| 12. Spieltag | 05.04.2009 | CF Monterrey | - | Atlas Guadalajara | 2:2 | ||||
| 13. Spieltag | 12.04.2009 | Atlas Guadalajara | - | Club Necaxa | 4:1 | ||||
| 15. Spieltag | 26.04.2009 | Atlas Guadalajara | - | Deportivo Toluca | 0:0 | ||||
| 16. Spieltag | 03.05.2009 | Monarcas Morelia | - | Atlas Guadalajara | 4:2 | ||||
| 17. Spieltag | 10.05.2009 | Atlas Guadalajara | - | CF Pachuca | 0:5 |
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