| 4. Spieltag | 14.08.2016 | VfR Aalen | - | Chemnitzer FC | 2:2 | ||||
| 12. Spieltag | 22.10.2016 | 1. FC Magdeburg | - | Chemnitzer FC | 2:4 |  |
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| 13. Spieltag | 29.10.2016 | Chemnitzer FC | - | Werder Bremen II | 1:1 | ||||
| 14. Spieltag | 05.11.2016 | SV Wehen Wiesbaden | - | Chemnitzer FC | 0:3 | |
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| 20. Spieltag | 28.01.2017 | SG Sonnenhof Großaspach | - | Chemnitzer FC | 2:2 | ||||
| 21. Spieltag | 04.02.2017 | Chemnitzer FC | - | Hallescher FC | 1:1 | ||||
| 27. Spieltag | 15.03.2017 | Chemnitzer FC | - | SC Paderborn 07 | 2:1 | ||||
| 28. Spieltag | 18.03.2017 | VfL Osnabrück | - | Chemnitzer FC | 3:0 | ||||
| 29. Spieltag | 25.03.2017 | Chemnitzer FC | - | MSV Duisburg | 2:3 | ||||
| 33. Spieltag | 15.04.2017 | Chemnitzer FC | - | SV Wehen Wiesbaden | 4:2 | ||||
| 34. Spieltag | 22.04.2017 | Holstein Kiel | - | Chemnitzer FC | 2:0 | |
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| 35. Spieltag | 29.04.2017 | Chemnitzer FC | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:1 | |
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| 36. Spieltag | 07.05.2017 | Chemnitzer FC | - | Preußen Münster | 0:3 | ||||
| 37. Spieltag | 13.05.2017 | Jahn Regensburg | - | Chemnitzer FC | 3:2 | |
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