| 8. Spieltag | 10.09.2016 | MFK Zemplín Michalovce | - | MŠK Žilina | 0:2 |  |
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| 9. Spieltag | 17.09.2016 | MŠK Žilina | - | FK Senica | 4:2 | ||||
| 10. Spieltag | 24.09.2016 | Zlaté Moravce | - | MŠK Žilina | 0:2 | ||||
| 19. Spieltag | 11.12.2016 | MŠK Žilina | - | MFK Zemplín Michalovce | 7:1 | |
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| 20. Spieltag | 18.02.2017 | FK Senica | - | MŠK Žilina | 2:0 |  |
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| 21. Spieltag | 26.02.2017 | MŠK Žilina | - | Zlaté Moravce | 4:1 | ||||
| 22. Spieltag | 05.03.2017 | FO ŽP Šport Podbrezová | - | MŠK Žilina | 2:2 | ||||
| 23. Spieltag | 11.03.2017 | FC DAC 1904 | - | MŠK Žilina | 2:2 | |
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| 24. Spieltag | 18.03.2017 | MŠK Žilina | - | MFK Ružomberok | 3:1 | |
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| 26. Spieltag | 09.04.2017 | Spartak Trnava | - | MŠK Žilina | 1:2 | ||||
| 29. Spieltag | 28.04.2017 | AS Trenčín | - | MŠK Žilina | 2:1 | ||||
| 30. Spieltag | 06.05.2017 | MFK Zemplín Michalovce | - | MŠK Žilina | 0:1 | ||||
| 32. Spieltag | 19.05.2017 | Zlaté Moravce | - | MŠK Žilina | 1:4 |
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