| 1. Spieltag | 20.08.2006 | Iraklis Saloniki | - | Panionios GSS | 0:0 |  |
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| 2. Spieltag | 26.08.2006 | PAOK Saloniki | - | Iraklis Saloniki | 3:1 | ||||
| 3. Spieltag | 10.09.2006 | Iraklis Saloniki | - | OFI Heraklion | 2:3 | |
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| 4. Spieltag | 18.09.2006 | AEK Athen | - | Iraklis Saloniki | 3:0 | ||||
| 5. Spieltag | 24.09.2006 | Atromitos | - | Iraklis Saloniki | 2:2 | ||||
| 7. Spieltag | 21.10.2006 | Ergotelis | - | Iraklis Saloniki | 2:1 | ||||
| 9. Spieltag | 05.11.2006 | Apollon Kalamarias | - | Iraklis Saloniki | 2:1 | ||||
| 10. Spieltag | 11.11.2006 | Iraklis Saloniki | - | Aris Saloniki | 0:0 | ||||
| 11. Spieltag | 19.11.2006 | AE Lárissa | - | Iraklis Saloniki | 0:1 | |
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| 12. Spieltag | 26.11.2006 | Iraklis Saloniki | - | AO Kerkyra | 1:0 | ||||
| 13. Spieltag | 03.12.2006 | Iraklis Saloniki | - | AO Egaleo | 2:1 | ||||
| 14. Spieltag | 09.12.2006 | Ionikos Nikea | - | Iraklis Saloniki | 0:3 |
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