| 2. Spieltag | 25.08.2012 | CE Sabadell | - | Villarreal CF | 0:0 | ||||
| 3. Spieltag | 01.09.2012 | Villarreal CF | - | CD Guadalajara | 2:1 | ||||
| 5. Spieltag | 16.09.2012 | Villarreal CF | - | Hércules CF | 1:0 |  |
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| 6. Spieltag | 22.09.2012 | UD Las Palmas | - | Villarreal CF | 2:2 | ||||
| 7. Spieltag | 29.09.2012 | Villarreal CF | - | Córdoba CF | 2:0 |  |
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| 8. Spieltag | 07.10.2012 | Sporting Gijón | - | Villarreal CF | 2:0 | ||||
| 10. Spieltag | 21.10.2012 | Recreativo Huelva | - | Villarreal CF | 2:0 |  |
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| 12. Spieltag | 03.11.2012 | CD Numancia | - | Villarreal CF | 1:1 | |
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| 13. Spieltag | 11.11.2012 | Villarreal CF | - | Real Murcia | 1:1 | ||||
| 14. Spieltag | 17.11.2012 | Racing Santander | - | Villarreal CF | 0:3 | ||||
| 15. Spieltag | 24.11.2012 | Villarreal CF | - | CD Lugo | 1:1 | ||||
| 17. Spieltag | 09.12.2012 | Villarreal CF | - | AD Alcorcón | 4:0 | |
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| 18. Spieltag | 15.12.2012 | Girona FC | - | Villarreal CF | 2:0 | ||||
| 19. Spieltag | 20.12.2012 | Xerez CD | - | Villarreal CF | 0:0 | |
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| 20. Spieltag | 05.01.2013 | Villarreal CF | - | FC Barcelona B | 1:3 | ||||
| 29. Spieltag | 10.03.2013 | Villarreal CF | - | Sporting Gijón | 2:1 |
Paraguay
Spanien